可惜好景不长，四个月之后西班牙人和大明朝廷暗通曲款，一起派兵围剿。林阿凤苦战四个多月，寡不敌众，只率领几十艘船突围成功。

后来传闻其又返回了潮汕一带沿海，收拢旧部试图恢复元气。得到消息，大明朝廷不敢坐视不理，用出了离间计，以招安为由劝降了其手下几员大将，逼迫林阿凤不得再次不远遁。

最终林阿凤还是去了吕宋，凭借其与当地居民的一贯良好关系继续干起了无本买卖，直到万历二十八年因病去世。在他弥留之际，把独生子林南叫到身边，叮嘱其一定要返回老家看看。

当时林南已经到了而立之年，在一群老部下的拥戴下成为了新的头领。上任之后的第一件事就是带着父亲的遗体返回潮州府， 将其入土为安。

可是他回乡的消息被人告到了官府，经过几次小规模冲突，本来就不雄厚的实力所剩无几，只能带着残部一路北上，最终选择了双屿岛做为发展基地。

然后的事情就简单了，袁可立第一波打击的海盗据点就是双屿岛，林南在面对新式风帆战舰时打也打不过跑还跑不掉，直接就全军覆没了。

可能是林阿凤的在天之灵保佑，林南再现了一次父亲的好运，也抱着木板没淹死，成了俘虏，被带回海河造船厂苦役。

虽然战败还当了俘虏，但他的指挥能力和使用火炮的技术都被袁可立看在眼里。经过三个月的考察之后，觉得此人并不是穷凶极恶之辈，还读过书认识字，於是就招入了水师，从水手做起。

在这支东拚西凑起来的水师里，林南可算是如鱼得水了。虽然没驾驶过新式帆船，也没用过后装滑膛炮，凭借常年航海积累的经验和对新知识的掌握速度，很快脱颖而出。

从七品小旗做起，两年间一步步升到了五品千户，统领2艘三桅战舰和2艘双桅交通船，麾下600多兵将，很受袁可立器重，是海军里首个外派镇守地方的将领。